Kalwaria Wileńska jest bardzo licznie odwiedzana przez wiernych. Historia kościoła jest powiązana z historią Kalwarii Wileńskiej, która sięga XVII wieku, gdy biskup Jerzy Białłozor w roku 1662 postanowił w tym miejscu zbudować Kalwarię jako znak wdzięczności Bogu za odzyskaną przez kraj niepodległość po wojnie z carem Aleksiejem Michajłowiczem w 1661 roku. Powołano specjalną komisję.  Wydzielono na ten cel około 170 ha ziemi. Zaproszono braci dominikanów i tak rozpoczęła się budowa Drogi Krzyżowej. Pierwszy drewniany kościół oraz kaplice zbudowano przed 1669 rokiem. Do XX wieku architektura zespołu Kalwarii Wileńskiej jedynie w małym stopniu uległa zmianom. Większe zniszczenia wiązały się tylko z obecnością  wojsk francuskich, które w 1812 roku zajęły kościół i klasztor, urządzając w nich koszary i szpital. Po zakończeniu wojen napoleońskich wszystkie kaplice odrestaurowano. W 1824 roku władze carskie odebrały dominikanom większą część ziemi klasztornej, by w 1850 roku zamknąć także sam klasztor. Zamknięcie klasztoru nie oznaczało jednak wygaśnięcia tradycji pielgrzymkowych do Kalwarii, przeciwnie – pod koniec XIX i na początku XX wieku odwiedzanie tego sanktuarium stało się wyjątkowo popularne. Powstały w XVIII wieku kościół pw. Onalezienia Krzyża Świętego oraz zespół architektoniczny klasztoru i 35 stacji Męki Pańskiej zachował się prawie bez zmian aż do nadejścia sowietów. Władze sowieckie rozpoczęły niszczenie kaplic już w latach 1962–1963. Kapliczki w Kalwarii zaczęto jedną po drugiej burzyć, a w 1963 roku w jedną noc wysadzono w powietrze istniejące jeszcze kaplice, oprócz czterech, stojących najbliżej kościoła. Nieco wcześniej zniszczono także stojącą za Zielonym Mostem kapliczkę Chrystusa, niosącego krzyż, która długie lata wskazywała pielgrzymom drogę z Wilna do Kalwarii. W maju roku 1990 po odzyskaniu przez Litwę niepodległości rozpoczęto pracę nad odbudową kaplic. Najpierw trzeba było zebrać materiały ikonograficzne, zdjęcia. Przeprowadzono badania archeologiczne, zrobiono projekty i dopiero potem rozpoczęto odbudowę. Prace trwały 12 lat i po 40 latach od momentu zniszczenia kaplic, w maju 2002 roku były wyświęcone wszystkie stacje Drogi Krzyżowej.

Kilka razy do roku wierni obchodzą Drogę Krzyżową.