Kościół Ducha Świętego jest jednym z najpiękniejszych wileńskich zabytków w stylu późnego baroku. Początki chrześcijańskiej świątyni w tym miejscu sięgają czasów Jagiełły. W połowie XV wieku zostaje wymurowany. Na początku XVI wieku król Aleksander Jagiellończyk  ufundował  odbudowę  świątyni  oraz budowę klasztoru dominikanów. Niestety, tę budowlę zniszczyły pożary i wojny.

Kościół Ducha Świętego posiada ogromne, niezbadane podziemia, w których chowano od wieków nie tylko możnych mieszkańców Wilna, ale i ludzi, zmarłych podczas wojen czy epidemii.

Do naszych dni zachowały się budynki klasztoru dominikanów, zajmujące ponad 5 ha powierzchni pomiędzy ulicami Dominikańską, św. Ignacego i Wileńską. W XIX wieku klasztor stał się wiezieniem, w czasach radzieckich do 1961 roku były tam przechowywane przedmioty sakralne, zabrane z zamykanych kościołów, potem biura i mieszkania. Budynki klasztorne są w opłakanym stanie, gdyż nie ma funduszy na ich remont. Przy wejściu do kościoła, w korytarzu, zachowały się freski klasztorne.

Obecny wystrój świątyni pochodzi z XVIII wieku, kiedy to po pożarze został odbudowany w latach 1749-1770. Dokładnie nie jest wiadomo, kto był autorem wnętrza kościoła: Jan Krzysztof Glaubitz czy Franciszek Ignacy Hoffer. A może obaj? Malowidła w kościele należą do Jana Didersztejna i Jana Nieziemkowskiego. Wnętrze świątyni dekoruje 16 stiukowych ołtarzy i ponad 40 obrazów. Między innymi jest kopia obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej i kopia obrazu Rubensa Jezusa w cierniowej koronie. Są siedemnastowieczne obrazy św. Antoniego, Chrystusa przy pręgierzu, św. Barbary i św. Katarzyny. W nawie głównej znajduje się też portret króla Aleksandra Jagiellończyka oraz  jego spowiednika i proboszcza tej świątyni – księdza Mikołaja Korczaka. Bardzo oryginalna jest ambona, pod którą znajduje się konfesjonał, jakby wyryty z jednej bryły. Dekoracja kopuły przedstawia Apoteozę Wszystkich Świętych.

W 1987 r. w tym kościele umieszczono obraz Jesusa Miłosiernego malowanego tu w Wilnie w 1934 r. według wizji św. Faustyny. Niestety, obraz w 2005 r. przeniesiono do innego kościoła, a tu umieszczono kopię. W prawej nawie jest obraz św. Rafała Kalinowskiego, który tu się modlił, a później był  jako więzień carski. Stąd, z klasztoru dominikańskiego, który w XIX wieku zamieniono na więzienie – wyruszył jako skazaniec na Syberię.

W lewej nawie jest pamiątkowa tablica, poświęcona żołnierzom i oficerom Armii Krajowej na terenie Wilna i okolic.

W tym kościele znajdują się najstarsze na Litwie organy, wykonane w 1776 r. w Królewcu w pracowni Adama Caspariniego. Niestety, od kilkunastu lat są remontowane.

W 1993 r. w czasie swej pielgrzymki na Litwę papież Jan Paweł II celebrował tu nabożeństwo.

Jest to jedyny kościół na Litwie, w którym nabożeństwa odprawiane są tylko w języku polskim.