Kościół Świętego Krzyża położony jest w pobliżu monumentalnej budowli Pałacu Prezydenckiego.

             Historia budowy kościoła sięga w głąb wieków. W jednej  z wileńskich legend mówi się, że w czasach pogańskich, za panowania księcia Olgierda ( połowa XIV wieku), jego namiestnik –Piotr  Gasztołd sprowadził do Wilna franciszkanów i umieścił ich w swoim pałacu, gdzie założyli klasztor. Wkrótce  w mieście wybuchła zaraza, o wywołanie której ludzie oskarżyli  obcych w pogańskim Wilnie franciszkanów. Rozpuszczono plotkę, że bracia zatruwali studnie. Rozjuszony tłum zaatakował klasztor i poganie zaczęli gonić i mordować  braci. Rozgniewany książę Olgierd  srogo ukarał winnych, a Gasztołd  pochował zamordowanych braci w swym ogrodzie. Wkrótce z grobu męczenników wytrysnęło źródło krystalicznie czystej wody.

              Minęły wieki i w 1543 roku biskup wileński Paweł Holszański nad źródełkiem zbudował kaplicę. Prawie sto lat później, w1635 roku  biskup Abraham Woyna przy kaplicy zbudował szpital, a do opieki nad chorymi sprowadził braci bonifratrów. Wkrótce po przybyciu do Wilna na miejscu kapliczki bonifratrzy zbudowali mały kościółek. Od 1651 roku opiekował się klasztorem biskup Jerzy Tyszkiewicz. Rozsławiła kościół znajdująca się w podziemiach studnia z cudowną wodą, mającą właściwości lecznicze różnych chorób, ale przede wszystkim oczu.

             Niestety,  kościół spłonął podczas pożaru Wilna w 1737 roku. Odbudowana po pożarze świątynia z niewielkimi zmianami zachowała się do dziś. Przy fasadzie znajdują się dwie skromne wieże z pięknymi hełmami, które przypominają styl późnego baroku. Kościół odznacza się niezwykłą prostotą formy. Fasada jest podzielona w pionie i w poziomie na trzy części, akcentowana skromnymi gzymsami. Ozdobą fasady są dwie wieżyczki o wysmukłych oknach, zwieńczone rokokowymi, metalowymi hełmami o wymyślnym lecz pięknym kształcie Na szczycie i wieżyczkach znajdują się metalowe krzyże o delikatnym rysunku. W środku fasady znajduje się wnęka z kopią obrazu ołtarzowego.  W ołtarzu głównym znajduje się obraz Matki Boskiej Śnieżnej, uważany za cudowny, zwany też Matką Boską Bonifratrów. Wnętrze jednonawowe, o nisko zawieszonym sklepieniu, wyposażone w trzy niewielkie ołtarze o wystroju barokowym.

           Bonifratrzy prowadzili szpital aż do kasaty zakonu w 1843 roku. Zajmowali się leczeniem chorych, także psychicznie, ziołolecznictwem i prowadzeniem aptek. W roku 1903 szpital psychicznie chorych przeniesiono do Nowej Wilejki. Zaczął się remont kościoła . Bonifratrzy powrócili do Wilna dopiero w 1924 roku. W klasztorze otworzyli przytułek dla starców i jadłodajnię dla ubogich „Caritas”. Ponieważ z wykształcenia byli przeważnie medykami, więc leczyli mieszkańców i sprzedawali leki.

           Po drugiej wojnie światowej znów opuścili miasto.  W 1949 roku –kościół zamknięto, w klasztorze zamieszkali ludzie.  W 1976 roku kościół  przekształcono  w salę koncertową, tzw. Małą Salę Barokową. W 1995 roku świątynię konsekrowano, zwrócono cudowny obraz Matki Boskiej Śnieżnej i krucyfiks, które były przechowywane w kościele świętej Anny w Wilnie.  W 1995 roku budynki klasztorne przekazano dla zgromadzenia  sióstr  Niepokalanego Poczęcia Najświętszej NMP. W 2002 roku  kościół został pięknie odnowiony, obecnie zakończono  prace remontowe klasztoru.Odbywają się tu nabożeństwa w języku litewskim i po łacinie.