Na terenie Uniwersytetu Wileńskiego znajduje się  kościół pw. św. Janów: Chrzciciela i Ewangelisty. Jego budowę zaczęto jeszcze w czasach panowania króla Władysława Jagiełły. Wielokrotnie przebudowywany. Gruntowną przebudowę wykonano w kościele  po pożarze w 1737 r. Wówczas  Jan Krzysztof Glaubitz stworzył w nim 23 ołtarze z kolorowych stiuków, a sklepienia udekorowano freskami, przedstawiającymi sceny z życia świętych Janów. Freski na sklepieniach i 13 ołtarzy były zniszczone na pocz. XIX w
W XVIII wieku  wojewoda trocki Tadeusz Ogiński (dziadek słynnego kompozytora) był fundatorem remontu kościoła i budowy rodowej kaplicy, w której został pochowany. Jego wnuk – Michał Kleofas Ogiński po raz pierwszy zagrał tu słynny polonez “Pożegnanie Ojczyzny” w 1795 r., gdy opuszczał Litwę.W tym kościele organistą był Stanisław Moniuszko i wiele lat grał na największych na Litwie organach, przywiezionych z Połocka, posiadających 63 piszczałki. W kościele św. Janów w czasach carskich zostało umieszczonych wiele pomników słynnych Polaków: Adama Mickiewicza, Antoniego Odyńca, Tadeusza Kościuszki i in.
W czasach radzieckich początkowo był tu magazyn papieru, potem studium filmowe. Jednak chcąc ratować budowlę, w kościele  przeprowadzono gruntowny remont i otwarto Muzeum Nauki. Obecnie kościół pw. św. Janów jest czynną świątynią akademicką, chętnie odwiedzaną przez turystów.