Uniwersytet Wileński znajduje się obok Pałacu Prezydenta w zabytkowych budynkach, które tworzą ogromny zespół architektoniczny wzdłuż ulic św.Jana, Skopówki, Uniwersyteckiej i Zamkowej. Uczelnia powstała w 1579 roku, kiedy król Stefan Batory przeznaczył środki na przekształcenie Kolegium Jezuitów w Wilnie w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego. W tym samym roku ustanowienie uczelni oficjalnie zaaprobował papież Grzegorz XIII. Oficjalnym językiem wykładowym była tu łacina, zaś wykładowcami byli uczeni pochodzący z różnych części Rzeczypospolitej Obojga Narodów i Europy Zachodniej. Początkowo miała ona wydziały filozoficzny, teologiczny i prawniczy.
Akademia bardzo długo była jedyną wyższą szkołą na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego. Do najbardziej znanych uczonych związanych z jezuickim okresem uczelni należą m.in. Maciej Kazimierz Sarbiewski – poeta, piszący po łacinie i polsku, który za swą twórczość poetycką otrzymuje złoty wieniec laurowy od papieża Urbana VIII, Wojciech Wijuk Kojałowicz– który jest autorem pierwszej, pełnej historii Litwy, Marcin Śmiglecki– autor popularnego w całej Europie podręcznika logiki.
Akademia Wileńska stała się ważnym ośrodkiem kontrreformacji w Wielkim Księstwie Litewskim. Jej profesorami byli m.in. Piotr Skarga, który był jej pierwszym rektorem, Jakub Wujek, Marcin Laterna i Mikołaj Łęczycki. W XVIII wieku na uczelni tej opracowano zasady gramatyki i ortografii języka litewskiego i rozpoczęto wydawanie pierwszych książek po litewsku.
W 1753 r. prof. Tomasz Żebrowski otwiera obserwatorium astronomiczne i tworzy przy nim wydział fizyki i astronomii. Po nim zaś Marcin Poczobutt- Odlanicki, długoletni rektor i astronom, bardziej go udoskonala.
Po kasacie zakonu jezuitów w 1773 r. Akademia została przejęta przez Komisję Edukacji Narodowej i zreformowana na uczelnię świecką. Otrzymała wówczas nazwę “Szkoły Głównej Litewskiej”. Podporządkowano jej szkoły wojewódzkie. Jednym z elementów reformy było rozpoczęcie wykładania po polsku i litewsku na niektórych wydziałach: literatury i historii Polski i Litwy, nauk przyrodniczych i matematycznych.
W okresie tym uczelnia nadal posiadała, oficjalnie tradycyjną, łacińską nazwę “Academia et Universitas Vilnensis” – z której usunięto tylko słowa “Societatis Jesu”. Zaczęto ją jednak coraz częściej nazywać w tym okresie Uniwersytetem, a nie Akademią. W tym okresie aż do rozbiorów Rzeczypospolitej, uczelnia ta przeżyła krótki okres ponownego rozkwitu. Posiadała ona m.in. najlepszy w Rzeczypospolitej wydział medyczny założony przez sprowadzonego z Wiednia Johanna Petera Franka. Po rozbiorach uczelnia utraciła na krótko status szkoły wyższej, stając się “Powszechną Szkołą Wileńską”, jednakże w 1803 r. odzyskała swój status i za zgodą cara Aleksandra I funkcjonowała pod nazwą Imperatorskiego Uniwersytetu Wileńskiego. Od początku XIX wieku aż do Powstania Listopadowego uczelnia przeżyła kolejny, krótki okres świetności. Tu powstaje Związek Filomatów i Filaretów, rodzi się romantyzm. W drukarni Józefa Zawadzkiego zostaje wydany tomik ballad i romansów Adama Mickiewicza. Do najbardziej znanych uczonych tego okresu związanych z Uniwersytetem należą: Jan Śniadecki, Jędrzej Śniadecki, Joachim Lelewel, Szymon Dowkont i Joseph Frank – syn Johanna. W okresie tym studiowało tu też dwóch najbardziej znanych polskich poetów romantycznych: Adam Mickiewicz i Juliusz Słowacki.
Po stłumieniu Powstania Listopadowego car Mikołaj I nakazał całkowitą likwidację uczelni, jako karę za udział wielu uczonych i studentów w Powstaniu. Większość majątku zlikwidowanego uniwersytetu przeznaczono na uposażenie powołanego w 1834 r. Uniwersytetu Kijowskiego. Wydziały przeniesiono do Petersburga.
Uczelnia została ponownie odtworzona dopiero w 1919 r. z inicjatywy J. Piłsudskiego. Uzyskała wtedy nazwę Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie. Językiem wykładowym w okresie międzywojennym był wyłącznie polski, a uczelnia była przez Polaków traktowana jako ostoja polskości na tych terenach, zaś przez Litwinów jako czynnik polonizacji Litwy. Jednym z najlepszych wydziałów była filologia polska, w cieniu której powstała grupa poetycka Żagary, do której m.in. należał Czesław Miłosz,student Wydziału Prawa. Na wydziale historii kształcił się wówczas Paweł Jasienica, a wykładał Feliks Koneczny. Po 1939 r. uczelnia wraz całym Wilnem przeszła na krótko pod władzę Republiki Litewskiej. Wprowadzono po raz pierwszy litewski jako oficjalny język wykładowy, choć z braku własnych kadr pozostawiono na stanowiskach wielu polskich profesorów, którzy prowadzili zajęcia nadal po polsku. 15 grudnia 1939 r. uczelnia została zlikwidowana przez władze litewskie.
Jesienią 1944 wznowiono działalność Uniwersytetu. W okresie tym uczelnia rozrosła się do rozmiarów dużego uniwersytetu z kompletem wydziałów, na których kształciło się ponad 5000 studentów. W okresie radzieckim uniwersytet był prestiżową i najstarszą uczelnią ZSRR,a nauka odbywała się w języku litewskim i rosyjskim. Obecnie jest to Państwowy Uniwersytet Wileński. Jest najstarszą i najpopularniejszą uczelnią Litwy. Studiuje tu na 13 wydziałach prawie 20 000 studentów.
Biblioteka uniwersytecka jest najbogatszą na Litwie: posiada 5mln tomów, pośród których prawie 200 000 stanowią starodruki.
Na terenie uczelni znajduje się kościół pw. św. Jana ( lub jak kto woli – Janów). Barokowa dzwonnica o wysokości 68 m od wieków góruje nad Wilnem. Od kilku lat za opłatą można wjechać nowoczesną windą na górę dzwonnicy i obejrzeć wspaniałą panoramę miasta.
