Franciszkanie byli sprowadzeni na  Litwę w 1323 roku, ale za czasów Gedymina nie mieli jeszcze kościoła. Pierwszy kościół wzniesiony poza murami miasta, na Piaskach, był zniszczony  przez Krzyżaków w 1390 roku. Następna świątynia pw. Wniebowzięcia Najświętszej Panny była wybudowana przez franciszkanów i konsekrowana w roku 1421. Kościół cierpiał
od pożarów w 1533, 1737, 1748 latach, ale po każdym zniszczeniu był odbudowywany i powiększany.
W XVII–XVIII w. klasztorze działała drukarnia.Dzisiejszy kościół przy ul. Trockiej został odbudowany w latach 1773–1780 przez K. Kamieńskiego.

Po Powstaniu Styczniowym władze carskie  zamknęły klasztor i kościół  , zamieniając go na archiwum.
Świątynię oddano katolikom po pierwszej wojnie światowej. W okresie międzywojennym wrócili franciszkanie.
W pobliżu kościoła zachowała się barokowa kaplica  rodu Suzinów. Została  wybudowana przez Michała Suzina w 1708 roku.Wzniesiono ją  ku czci wymordowanej przez Kozaków ludności  w czasie wojny z Moskwą w 1655 roku.
Między kościołem a kaplicą jest pomnik dyrektora banku i filantropa Józefa Montwiłła( 1850–1911), wykonany przez Bolesława Bałzukiewicza w 1932 r.
Po drugiej wojnie światowej kościół z klasztorem znów zamknięto. Był on w gestii Litewskiego Archiwum Państwowego.
Obecnie kościół jest oddany wiernym. Z każdym rokiem kościół staje się piękniejszy. Mnóstwo ludzi, szczególnie kobiet, przychodzi się pomodlić przed cudowną figurką Matki Boskiej. Niedawno wyremontowano kaplicę świętej Jadwigi. Są nabożeństwa  w języku polskim.