Kościół św. Bernarda i Franciszka przylega do kościoła św. Anny. Jest kilkakrotnie większy od niego. Budowano
go również z fundacji królewskiej na przełomie XV–XVIw.  Został zniszczony przez Moskali w połowie XVII w. podczas wojny z carem Aleksiejem Michajłowiczem. Na przełomie XVII i XVIII wieku kościół odbudowano
z fundacji rodów magnackich: Radziwiłłów, Sapiehów, Paców i in. Udekorowano go kilkunastoma  ołtarzami
z klonowego drzewa. W tym kościele był chrzczony słynny śpiewak polski Bernard Ładysz. Tu jako dziecko śpiewał w chórze.
Po II Wojnie Światowej kościół staje się magazynem Akademii Sztuk Pięknych, która się mieści tuż obok w byłym
klasztorze bernardyńskim.
Po odzyskaniu niepodległości Litwy w 1991 r. kościół wraca do wiernych. Odnaleziono i po restauracji zamontowano klonowe ołtarze. W kościele są już ławki, posadzka, trwa odtwarzanie fresków. Za
opłatą można wejść na dziedziniec, do zakrystii, za ołtarz i na strych, skąd przez małe
okienka rozpościera się wspaniały widok na Wilno.