Naprzeciwko kościołów św. Anny i Bernardyńskiego,po drugiej stronie ulicy Maironio, absydą do nich, znajduje się kościół pw.św.Michała. Jego fundatorem był Lew Sapieha, żyjący na przełomie XVI i XVII w. Lew Sapieha – kanclerz i hetman WKL, sławny wojownik,sprawiedliwy sędzia, w tym miejscu miał jeden ze swych pałacow. W 1596 r. ufundował kościół pw. św. Michała, a przy nim klasztor bernardynek. Za autora projektu świątyni uważa się architekta królewskiego Piotra Dankersa de Rij. Kościół jest jednonawowy i posiada wiele elementów renesansu. W 1633 r. z udziałem króla Władysława IV Wazy, tu odbył się uroczysty pogrzeb fundatora, który podobno zmarł po balu u króla.
W 1655 r. kościół zniszczył pożar i wojna, a w 1661 wojewoda wileński Paweł Sapieha, na nowo go restaurował. Najpiękniejszą
ozdobą tej świątyni jest marmurowy pomnik Lwa Sapiehy, wzniesiony po prawej stronie nawy głównej. Zostały
też na nim utrwalone jego dwie żony: Dorota. Firlej i Elżbieta Radziwiłłówna. W środku przedstawiony jest Lew Sapieha, a
u stóp jego po obu stronach dwie żony. Pomnik wykonany w I poł. XVII w. z różnokolorowych marmurów. Autorem jest rzeżbiarz Sebastian Sali. Długi napis kończy się głęboką myślą, tak doskonale pasującą do Lwa Sapiehy: “…Krótko żył, bo i nieprzyjaciele po nim płakali”. Zwłoki Lwa Sapiehy, jego żon i synów spoczywają pod ołtarzem, a ponieważ trumny były kosztowne, w czasie wojny 1655 r. zaginęły. Po wojnie 1655 r. zbeszczeszczone przez Kozaków ciało Lwa Sapiehy, zakonnice ubrały w zakonny habit i złożyły do trumny. Podobnie postąpiono z innymi ciałami – złożono je do różnych trumien. W podziemiach do dziś spoczywa fundator i członkowie jego rodziny. Od I poł. XVII w. w kościele znajdował się uzyskany z sąsiedniego klasztoru bernardynów cudowny wizerunek Matki Boskiej Świętomichalskiej, koronowany w 1750 r. Znajdujące się dookoła obrazu liczne wota świadczyły o jego cudowności, a postacie Marii i Dzieciątka pokrywały srebrne szaty. W tym czasie był to najbardziej czczony obraz Matki
Bożej w Wilnie. W dobie obecnej obraz ten znajduje się w jednej z kaplic Katedry Wileńskiej. Klasztor został skasowany w 1886 r. przez władze carskie, kościół zamknięto. Dzięki Sapiehom, przed I wojną światową bernardynki wróciły do klasztoru.
Po II wojnie światowej kościół znów  zamknięto, a na początku lat 70. otwarto Muzeum Architektury, czynne do 2007 r.

Obecnie w kościele znajduje się Muzeum Sztuki Sakralnej, w którym, między innymi,  można zobaczyć część wspaniałego skarbca Wileńsiej Katedry.
Wstęp płatny.